Trong giai đoạn đầu thành lập, Chi nhánh gặp nhiều khó khăn về cơ cấu tổ chức hoạt động, chỉ có 9 cán bộ điều chuyển từ Ngân hàng Nhà nước (NHNN) về nhận nhiệm vụ; cơ sở vật chất thiếu thốn, phải thuê trụ sở làm việc; hành lang pháp lý về BHTG chưa đầy đủ, đồng bộ và thực tiễn nghiệp vụ BHTG chưa có tiền lệ. Tuy nhiên, không lùi bước trước khó khăn, thử thách, Chi nhánh vừa triển khai hoạt động nghiệp vụ BHTG, vừa xây dựng, vận hành bộ máy tổ chức, thành lập các tổ chức đảng, đoàn thể…Và từ những ngày đầu triển khai nghiệp vụ BHTG, thiết lập mối quan hệ với chính quyền, NHNN và các ban ngành, tổ chức có liên quan, đến nay nghiệp vụ BHTG đã được triển khai rộng khắp địa bàn, đạt hiệu ứng tích cực. Bộ máy tổ chức được củng cố, kiện toàn gồm Ban giám đốc và 6 phòng chuyên môn, với 73 cán bộ đầy năng lực, tâm huyết, trong đó 86% cán bộ có trình độ cao (11 thạc sĩ và 52 cử nhân) đa số có chuyên ngành tài chính-ngân hàng. Đối với công tác đảng, đoàn thể, Chi nhánh đã sớm thành lập Chi bộ Đảng từ tháng 2/2001, đến tháng 9/2016 được nâng cấp lên Đảng bộ Cơ sở và hiện Đảng bộ có 27 đảng viên. Tổ chức Công đoàn, tổ chức Đoàn Thanh niên cũng nhanh chóng được thành lập lần lượt vào tháng 7/2001 và tháng 3/2002, đến nay các tổ chức đã phát triển lớn mạnh, hoạt động nề nếp, góp công tích cực vào thành quả lao động của tập thể Chi nhánh. Thêm vào đó, năm 2006, chỉ 6 năm sau ngày thành lập, Chi nhánh đã tạo dựng được Trụ sở làm việc riêng biệt, tọa lạc tại vị trí thuận tiện thuộc khu vực trung tâm thành phố, diện tích làm việc rộng rãi, khang trang, trang thiết bị đáp ứng tốt cho nhu cầu công việc.
Tập thể Chi nhánh năm 2020
Chặng đường 20 năm đi qua, Chi nhánh đã phát triển không ngừng về mọi mặt, tập thể cán bộ, viên chức, người lao động (CBVC-NLĐ) Chi nhánh luôn kiên định, bền trí và bằng sức mạnh của sự đoàn kết, sáng tạo đã từng bước đẩy lùi những trở ngại đưa Chi nhánh vững mạnh hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ theo chức năng, nhiệm vụ được giao, như cấp, thu hồi Chứng nhận tham gia BHTG, giám sát, kiểm tra, kiểm soát đặc biệt, tuyên truyền, thu phí, chi trả… Đặc biệt, quá trình va chạm thực tế công tác kiểm soát đặc biệt, xử lý các QTDND có vấn đề bật ra nhiều cái mới chưa có tiền lệ, Chi nhánh đã mạnh dạn tham mưu BHTGVN điều chỉnh phù hợp hệ thống văn bản điều hành, đề xuất phương thức xử lý an toàn, đúng pháp luật, phát huy tinh thần đổi mới, sáng tạo, đạt hiệu quả công việc cao. Thành tựu có được ngày nay của Chi nhánh là nhờ sự quan tâm, chỉ đạo của Đảng ủy, Hội đồng quản trị và Ban Điều hành BHTGVN; sự phối hợp, hỗ trợ chặt chẽ từ Chi nhánh NHNN các tỉnh, thành phố và sự cộng tác của các tổ chức tham gia BHTG, của chính quyền địa phương và những nỗ lực cống hiến tài năng, trí tuệ của cán bộ Chi nhánh. Thông qua công tác chỉ đạo, điều hành được tổ chức dân chủ, thông suốt và hiệu quả, cán bộ Chi nhánh cập nhật kịp thời, đầy đủ các chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước, ngành Ngân hàng và của BHTGVN, bên cạnh đó, đội ngũ cán bộ được đào tạo bài bản, giỏi về chuyên môn, nghiệp vụ, có bản lĩnh chính trị vững vàng và đạo đức nghề nghiệp tốt. Hiệu quả xử lý công việc của Chi nhánh được nâng cao nhờ việc chủ động xây dựng, triển khai kế hoạch công tác và đánh giá kết quả công việc hàng tháng. Thông qua các hoạt động nghiệp vụ, Chi nhánh đã góp phần xác lập thương hiệu hình ảnh BHTGVN trong việc bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người gửi tiền, tạo niềm tin cho người gửi tiền đối với các TCTD, góp phần duy trì sự ổn định của hệ thống các TCTD, sự phát triển an toàn, lành mạnh trong hoạt động ngân hàng và phát triển kinh tế trên địa bàn.