Thông tư số 16 gồm 3 Chương 22 Điều, thay thế Thông tư số 04/2016/TT-NHNN ngày 15/4/2016 của Thống đốc Ngân hàng Nhà nước, quy định việc lưu ký và sử dụng giấy tờ có giá tại Ngân hàng Nhà nước Việt Nam nhằm:Đơn giản hóa hồ sơ mở tài khoản lưu ký giấy tờ có giá tại Ngân hàng Nhà nước;Bổ sung đối tượng áp dụng, một số loại giấy tờ có giá được lưu ký và các nghiệp vụ mới phát sinh liên quan tới sử dụng giấy tờ có giá tại Ngân hàng Nhà nước; Điều chỉnh nội dung phù hợp với các văn bản quy phạm pháp luật liên quan.
Một số điểm mới của Thông tư 16 so với Thông tư số 04/2016/TT-NHNN: Về đối tượng áp dụng, Thông tư số 16 bổ sung Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam được lưu ký và sử dụng giấy tờ có giá tại Ngân hàng Nhà nước;
Quy định bổ sung một số loại giấy tờ có giá được lưu ký và sử dụng tại Ngân hàng Nhà nước, trong đó có trái phiếu do các tổ chức tín dụng (trừ các ngân hàng thương mại đã được mua bắt buộc và các tổ chức tín dụng được kiểm soát đặc biệt) và doanh nghiệp khác phát hành.
Thông tư số 16 cũng bổ sung một số nghiệp vụ sử dụng giấy tờ có giá tại Ngân hàng Nhà nước, bao gồm: Cầm cố, ký quỹ giấy tờ có giá để thiết lập hạn mức thanh toán tập trung, hạn mức bù trừ điện tử và nghiệp vụ cho vay đặc biệt.
Về hồ sơ mở tài khoản lưu ký giấy tờ có giá, Thông tư số 16 quy định thành viên không cần phải nộp các thành phần hồ sơ đã nộp khi mở tài khoản thanh toán tại Ngân hàng Nhà nước. Các tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài và các tổ chức là thành viên theo quy định tại Thông tư nếu đang có tài khoản lưu ký giấy tờ có giá tại Ngân hàng Nhà nước tiếp tục được sử dụng tài khoản này.
Các giao dịch liên quan đến giấy tờ có giá đã thực hiện trước ngày Thông tư số 16 có hiệu lực thi hành tiếp tục được thực hiện theo thỏa thuận đã ký giữa các bên liên quan.