Theo quy định, phí BHTG được tính và áp dụng theo cơ chế phí đồng hạng. Các tổ chức tham gia BHTG không phân biệt loại hình sở hữu, quy mô hoạt động, hiệu quả kinh doanh đều nộp theo quý cùng một mức phí như nhau là 0,15%/năm tính trên số dư tiền gửi thuộc đối tượng bảo hiểm. Thời kỳ đầu Chi nhánh mới được thành lập, việc tính và nộp phí được hướng dẫn tại Công văn số 220/CV-BHTG ngày 06/09/2001 của BHTGVN và Công văn số 652/CV-BHTG8 ngày 12/12/2001 của BHTGVN đối với các trường hợp tính và nộp phí kỳ đầu tiên. Giai đoạn này, việc tính phí còn gặp nhiều khó khăn do các tổ chức tham gia BHTG chưa nắm rõ cách phân biệt đối tượng tính phí BHTG, công thức tính, dẫn đến việc trích nhầm số dư, nộp sai phí do tính sai số học, trích nhầm số dư tiền gửi..., do đó số lượng các đơn vị vi phạm khá cao. Thông qua công tác kiểm tra tại chỗ và nhiều hình thức khác, Chi nhánh đã sắp xếp cán bộ tư vấn, giải đáp và hướng dẫn đơn vị làm tốt hơn công tác tính phí. Bên cạnh đó, việc kết hợp với các phương thức truyền thông của Chi nhánh đã giúp công tác thu phí dần tiến triển tốt hơn và số đơn vị vi phạm cũng giảm rõ rệt.
Sau thời điểm 11/8/2006, khi Công văn 397/CV-BHTG8 về việc hướng dẫn tính và nộp phí BHTG của BHTGVN được ban hành với các biểu mẫu rõ ràng, tài liệu chi tiết đã giúp công tác thu phí tại Chi nhánh có nhiều chuyển biến tích cực. Chi nhánh cũng đã kết hợp với công tác giám sát từ xa, công tác thu phí và kế toán; tăng cường giám sát địa bàn thường xuyên; đôn đốc, nhắc nhở và thông báo trực tiếp khi đơn vị có sai sót trong quá trình tính phí; các trường hợp vi phạm đa phần đều được cấn trừ, nộp bổ sung ngay trong kỳ thu phí tiếp theo.
Từ ngày 01/01/2013 khi Luật BHTG phát huy hiệu lực đã tạo hành lang pháp lý vững chắc cho công tác theo dõi, quản lý thu phí của BHTGVN. Bên cạnh đó, chương trình quản lý thu phí Divas Premium hoạt động ổn định, các số liệu truy xuất nhanh và chính xác đã tiết kiệm thời gian cho cán bộ phụ trách theo dõi thu phí tại Chi nhánh.
Đến 04/12/2019, BHTGVN đã có Quyết định số 1116/QĐ-BHTG ban hành Quy chế về phí BHTG, thay thế các văn bản trước đây không còn phù hợp với cơ sở pháp lý mới; đồng thời bổ sung, chỉnh sửa các nội dung còn thiếu, chưa rõ ràng. Để các tổ chức tham gia BHTG thuận tiện trong việc tính và nộp phí BHTG, tại sự kiện tuyên truyền, Chi nhánh cũng lồng ghép để đưa nội dung Quyết định ban hành Quy chế về phí BHTG đến với cán bộ nghiệp vụ của 160 tổ chức tham gia BHTG thuộc địa bàn Chi nhánh quản lý, từ đó giúp việc tiếp cận thông tin của Quy chế dễ dàng, hiệu quả hơn.
Tuyên truyền kết hợp triển khai Quy chế về phí kèm Quyết định 1116/QĐ-BHTG
Tính đến hết quý II/2021, sau đúng 20 năm thành lập, Chi nhánh đã thu hơn 126,7 tỷ đồng tiền phí BHTG. Thực tế diễn biến số phí thu hàng năm theo chiều hướng tăng đã cho thấy tốc độ tăng trưởng tốt của tiền gửi dân cư trên địa bàn, đồng thời minh chứng hiệu quả của việc triển khai chính sách BHTG đã giúp gia tăng uy tín và lòng tin của người dân vào hoạt động của hệ thống các TCTD.
Tình hình thu phí tại Chi nhánh KV ĐBSCL từ Q2/2002 đến Q2/2016
Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác thu phí vẫn còn gặp một số khó khăn, chẳng hạn, vẫn còn một số trường hợp vi phạm về tính và nộp phí BHTG. Thông qua công tác kiểm tra tại chỗ và giá
Trong thời gian tới, Chi nhánh BHTGVN khu vực ĐBSCL sẽ tiếp tục nâng cao chất lượng công tác thu phí, chủ động bố trí cán bộ nghiên cứu các văn bản, tập trung nguồn nhân lực cũng như chuẩn bị đầy đủ hệ thống công nghệ tin học… để đáp ứng tốt các yêu cầu đặt ra, bảo đảm việc tính phí phù hợp với quy định của pháp luật về BHTG và hướng dẫn của BHTGVN.