Hiện nay, hầu hết các tổ chức phát hành tiền điện tử và tổ chức thanh toán (EMI&PI) không phải là ngân hàng, do đó không tham gia BHTG. Các khoản tiền của khách hàng tại các tổ chức này sẽ không được coi là tiền gửi. Trong trường hợp các tổ chức này phá sản, khách hàng của họ sẽ không được bảo vệ trực tiếp bởi hệ thống BHTG. Thay vào đó, hệ thống BHTG có thể bảo vệ gián tiếp thông qua các tài khoản thụ hưởng được các tổ chức thanh toán thay mặt cho khách hàng mở tại ngân hàng.
Nếu các văn bản pháp lý quy định tài khoản người thụ hưởng thuộc phạm vi BHTG, hệ thống BHTG sẽ phải đối mặt với một số thách thức.
Một là, tổ chức BHTG sẽ gặp khó khăn trong việc định danh người thụ hưởng thuộc các tài khoản trong sổ đăng ký người gửi tiền của ngân hàng trong trường hợp trả tiền bảo hiểm. Hệ thống BHTG cần được các tổ chức thanh toán hoặc ngân hàng cung cấp các thông tin cần thiết của khách hàng nhằm rút ngắn thời gian và thực hiện hoạt động chi trả có hiệu quả hơn. Điều này rất quan trọng vì tài khoản thụ hưởng có thể có một số lượng lớn khách hàng, vì vậy số dư tiền gửi có thể biến động nhanh chóng. Ngoài ra, khách hàng của tài khoản thụ hưởng cũng có thể là người gửi tiền của ngân hàng đổ vỡ khiến hệ thống BHTG cần phải xác định rõ ràng khoản chi trả bảo hiểm đối với từng đối tượng cụ thể.
Hai là, để tính toán chính xác các khoản phí bảo hiểm từ phía ngân hàng cần nộp, hệ thống BHTG cần phải được cung cấp đầy đủ thông tin tài khoản thụ hưởng để xác định được khoản tiền gửi đủ điều kiện được bảo hiểm. Trong trường hợp không được tiếp cận đầy đủ thông tin, hệ thống BHTG có thể tính phí bảo hiểm trên cơ sở toàn bộ số tiền (bao gồm cả phần không được bảo hiểm) của tài khoản thụ hưởng.
Ba là, về việc xác định hệ thống BHTG nên chi trả tiền gửi được bảo hiểm trực tiếp cho tổ chức thanh toán hay cho khách hàng của họ trong trường hợp ngân hàng đổ vỡ. Theo IADI, để đảm bảo quyền lợi của khách hàng và đảm bảo ổn định hệ thống tài chính, hệ thống BHTG nên chi trả trực tiếp cho các tổ chức thanh toán để làm giảm rủi ro hoạt động của các tổ chức này. Nếu chi trả trực tiếp cho khách hàng, họ có thể sẽ quyết định không tiếp tục giao dịch với tổ chức thanh toán gây ảnh hưởng đến việc duy trì hoạt động kinh doanh liên tục của các tổ chức này.