Đối với các ngân hàng nhỏ của Trung Quốc, những yếu tố mới sẽ có tác dụng tiêu cực bởi điều này làm giảm sự quan tâm của chính phủ đối với việc hỗ trợ tới các ngân hàng này. Tính đến cuối năm 2011, Trung Quốc có 2.811 ngân hàng nhỏ, chiếm 20% tài sản của toàn hệ thống ngân hàng. Ngoài ra, Trung Quốc có 5 ngân hàng thương mại lớn và 12 ngân hàng thương mại cổ phần cùng nhau giữ 64% trong tổng số tài sản ngân hàng. Kế hoạch 5 năm cho thấy Trung Quốc đang tiến gần hơn với việc xử lí các ngân hàng. Trong khi các biện pháp này sẽ bảo vệ người gửi tiền, nâng cao niềm tin công chúng và tạo sự ổn định cho hệ thống ngân hàng, thì ngược lại cũng có một vài ảnh hưởng tới người sở hữu trái phiếu và người gửi tiền không có bảo hiểm. Việc bảo hiểm cho người gửi tiền nhỏ với cơ chế rõ ràng sẽ làm giảm chi phí xã hội đối với sự đổ vỡ ngân hàng và nguy cơ lây lan cũng như làm giảm bớt gánh nặng cho chính phủ về việc bảo hiểm các ngân hàng kém hiệu quả.
Những biện pháp mới tạo điều kiện thuận lợi cho thực hiện cải cách thị trường nhanh hơn, như tự do hóa lãi suất và xóa bỏ hình thức trung gian. Biện pháp như vậy sẽ làm tăng áp lực cạnh tranh đối với các ngân hàng nhỏ so với các ngân hàng lớn vì ngân hàng nhỏ thường thiếu tiền gửi và các quyền định giá cho vay, do đó đặt những ngân hàng nhỏ này vào nguy cơ giảm lãi biên ròng.
Theo qui định mới, các ngân hàng nhỏ có thể sẽ phải nộp phí cao hơn do có tính rủi ro cao. Mặc dù kế hoạch 5 năm lần thứ 11 cũng đã đề cập đến việc thực hiện một hệ thống bảo hiểm tiền gửi và thiết lập quy trình xử lý các tổ chức tài chính thì kế hoạch 5 năm lần thứ 12 bao gồm những nội dung hoạt động chi tiết hơn để thực hiện như kế hoạch đã định.
Cụ thể, kế hoạch này nêu bật sự cần thiết phải đẩy nhanh tiến độ hoàn thiện luật cho hệ thống bảo hiểm tiền gửi và áp dụng vào thời điểm thích hợp cũng như đề cập đến việc thiết lập một cơ chế phá sản. Thống đốc Ngân hàng Trung ương Trung quốc, Ông Chu Tiểu Xuyên nhấn mạnh sự cần thiết phải đẩy nhanh tiến độ thành lập bảo hiểm tiền gửi và hy vọng hệ thống bảo hiểm tiền gửi sẽ được đưa vào hoạt động trong một hoặc hai năm tới.