Từ khi thành lập đến nay, phí BHTG được tính và áp dụng theo cơ chế phí đồng hạng. Các tổ chức tham gia BHTG không phân biệt loại hình sở hữu, quy mô hoạt động, hiệu quả kinh doanh đều nộp cùng một mức phí như nhau là 0,15%/năm tính trên số dư tiền gửi thuộc đối tượng bảo hiểm. Những quy định về tính và nộp phí BHTG đã được cụ thể hóa, rõ ràng, dễ hiểu trong các văn bản hướng dẫn tạo sự thống nhất và đồng bộ khi thực hiện việc tính và nộp phí đối với tổ chức tham gia BHTG cũng như công tác theo dõi, quản lý của BHTGVN. Thực tế, khoảng 70% quốc gia trên thế giới thực hiện cách tính theo cơ chế phí đồng hạng khi mới thành lập tổ chức BHTG vì ưu điểm dễ tính, dễ theo dõi. Tuy nhiên trong điều kiện hội nhập, mức phí “cào bằng” đối với tổ chức tham gia BHTG dẫn đến tình trạng không công bằng giữa các tổ chức tham gia BHTG. Cơ chế phí này thực tế không khuyến khích tổ chức tham gia BHTG nâng cao chất lượng hoạt động để được áp dụng mức phí thấp và điều này cũng không phù hợp với kinh tế thị trường như hiện nay.
Phí theo mức độ rủi ro là hệ thống phí trong đó các tổ chức tham gia BHTG đóng góp phí cho tổ chức BHTG theo nguyên tắc tỷ lệ phí phải nộp tăng nếu hoạt động của tổ chức tham gia BHTG hoạt động kém hiệu quả, nguy cơ rủi ro cao và ngược lại. Ở các nước áp dụng cơ chế phí theo mức độ rủi ro thường đánh giá theo 3 phương pháp: định lượng (sử dụng các biện pháp đo lường thực tế theo các số liệu thực tế được thu thập tại chỗ hoặc từ xa và trong quá trình giám sát hoặc sử dụng cơ sở dữ liệu chung với Ngân hàng Nhà nước), định tính (sử dụng một số các yếu tố định tính để phân nhóm ngân hàng làm cơ sở tính phí, đánh giá thường được thực hiện sao cho có thể phản ánh tình hình tài chính hiện tại của ngân hàng, các thông lệ kinh doanh quan trọng, hoặc phản ánh mức độ rủi ro và tình hình tài chính trong tương lai) hoặc áp dụng cả định lượng lẫn định tính. Mỗi phương pháp đều có những ưu nhược điểm cụ thể và tuỳ vào điều kiện của từng quốc gia để vận dụng cho phù hợp.
BHTGVN đã tiến hành xây dựng một số bước chuẩn bị cho lộ trình áp dụng hệ thống phí bảo hiểm theo rủi ro khi Luật BHTG ra đời. Trên cơ sở xây dựng phương pháp định lượng căn cứ vào các quy định của Ngân hàng Nhà nước về đảm bảo an toàn trong hoạt động ngân hàng, luật tổ chức tín dụng, các quy định hiện hành và tập trung vào các yếu tố vốn, tài sản có, hiệu quả, khả năng sinh lời của tổ chức tham gia BHTG. Phương pháp định tính nhằm bổ trợ cho các chỉ tiêu định lượng và để cung cấp những thông tin quan trọng về rủi ro hiện tại, tương lai của tổ chức tham gia BHTG bao gồm xếp hạng của Thanh tra, kiểm tra của cơ quan có thẩm quyền, việc chấp hành chế độ quy định, hướng dẫn, các yêu cầu khác của luật pháp, và những yếu tố thu thập từ bên ngoài nhằm đánh giá những vấn đề có thể có ảnh hưởng xấu tới tình hình tài chính hoặc uy tín của ngân hàng. Các chỉ tiêu được lựa chọn để đánh giá rủi ro của tổ chức tham gia BHTG sẽ được đánh giá theo trọng số và cho mức điểm trong định mức.
Tuy nhiên, việc xác định mức độ rủi ro của từng tổ chức tham gia BHTG còn gặp rất nhiều khó khăn. Thực trạng cho thấy công tác quản lý rủi ro, quản lý danh mục đầu tư, quản lý tài sản nợ có, quản trị vốn, kiểm toán nội bộ của từng tổ chức tham gia BHTG là khác nhau và còn rất nhiều hạn chế; Công tác phân tích, đánh giá rủi ro khách hàng vẫn còn nhiều bất cập; Rủi ro tín dụng chưa được đánh giá và kiểm soát một cách chặt chẽ. Bên cạnh đó, hệ thống đánh giá và xếp hạng các tổ chức tín dụng chưa được hoàn thiện; Việc trao đổi, chia sẻ thông tin giữa các cơ quan có chức năng giám sát liên quan với BHTGVN chưa được kịp thời, chặt chẽ. Theo các quy định hiện hành của BHTGVN (quyết định 191, 192, 193), cơ sở dữ liệu đầu vào của các tổ chức tham gia BHTG không đầy đủ để có thể thực hiện tính phí theo mức độ rủi ro.
Như vậy, để lộ trình tính phí BHTG trên cơ sở rủi ro cần có sự phối hợp giữa BHTGVN với các bên liên quan. Thứ nhất, BHTGVN cần sự hỗ trợ, phối hợp của Ngân hàng Nhà nước, Bộ Tài chính, Kiểm toán Nhà nước trong việc xây dựng quy chế, quy định xếp hạng các TCTD, tổ chức thực hiện xếp hạng hàng năm và gửi kết quả xếp hạng cho BHTGVN để làm căn cứ xếp hạng tính phí; Các bên liên quan chia sẻ thông tin trong thanh tra, kiểm tra; Ngân hàng Nhà nước hỗ trợ BHTGVN xây dựng và hoàn thiện các cơ chế, chính sách thu phí BHTG trên cơ sở rủi ro. Thứ hai, BHTGVN cần sự hợp tác của các tổ chức tham gia BHTG trong việc cung cấp các dữ liệu để quá trình tính mức độ rủi ro được chính xác. Thứ ba, BHTGVN cũng cần chuẩn bị, bố trí nguồn lực, hệ thống công nghệ tin học để xây dựng, triển khai thử nghiệm và chính thức trước khi bắt đầu thực hiện.
Việc nghiên cứu và triển khai hệ thống phí trên cơ sở rủi ro là hết sức cần thiết đối với sự phát triển của các TCTD nói riêng và hệ thống tài chính Việt Nam hiện nay nói chung. Các tổ chức tham gia BHTG cũng có thể xem xét việc tăng hoặc giảm mức xếp hạng của mình để điều chỉnh hoạt động, đảm bảo thúc đẩy cạnh tranh, tạo động lực khuyến khích đơn vị mình hoạt động an toàn hơn; đặc biệt là đối với những đơn vị có mức xếp hạng thấp. Bên cạnh đó, hệ thống phí theo rủi ro như đã đề cập ở trên còn tạo ra sự rõ ràng, bình đẳng đối với các tổ chức tham gia BHTG. Thông qua việc thu phí trên cơ sở rủi ro và mức độ an toàn khác nhau của các tổ chức tham gia BHTG, các tổ chức này đã đóng góp một phần chi phí tăng theo mức độ rủi ro tăng nhằm bổ sung thêm nguồn Quỹ BHTG, giúp thanh toán đầy đủ và kịp thời cho người gửi tiền trong trường hợp ngân hàng đổ vỡ, từ đó, nâng cao uy tín và mức độ tin cậy của xã hội đối với chính sách BHTG.