Theo quyết định của Thủ tướng, ngoài Trưởng ban, Ban chỉ đạo còn có hai phó trưởng ban, gồm: Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Lê Minh Hưng (thường trực) và Thứ trưởng Bộ Công an Lê Quý Vương.
Ban chỉ đạo có 13 Ủy viên, gồm: Phó viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao Bùi Mạnh Cường, Phó chánh án Tòa án nhân dân tối cao Nguyễn Sơn, Phó chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Nguyễn Sỹ Hiệp, Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Đào Quang Thu, Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Lê Hoài Trung, Phó tổng Thanh tra Chính phủ Ngô Văn Khánh, Thứ trưởng Bộ Thông tin và Truyền thông Phạm Hồng Hải, Thứ trưởng Bộ Nội vụ Trần Anh Tuấn, Thứ trưởng Bộ Tư pháp Đinh Trung Tụng, Thứ trưởng Bộ Tài chính Trần Văn Hiếu, Thứ trưởng Bộ Xây dựng Đỗ Đức Duy, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng Nguyễn Chí Vịnh và Thứ trưởng Bộ Công Thương Đỗ Thắng Hải.
Theo Quyết định 470/2009 của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Ban chỉ đạo phòng, chống rửa tiền, Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng chỉ đạo xây dựng chiến lược, chủ trương, chính sách, chương trình, kế hoạch, cơ chế và giải pháp trong công tác phòng, chống rửa tiền; chỉ đạo việc triển khai thực hiện nghĩa vụ thành viên của Việt Nam trong nhóm châu Á-Thái Bình Dương về chống rửa tiền (APG) và kế hoạch tiến tới thực hiện đầy đủ 40+9 khuyến nghị của Lực lượng đặc nhiệm tài chính về chống rửa tiền (FATF).
Ngoài ra, Ban chỉ đạo có nhiệm vụ phối hợp với các lực lượng nòng cốt trong công tác chống khủng bố nhằm nghiên cứu, đề xuất cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành chính sách pháp luật, chương trình, biện pháp chống tài trợ cho khủng bố trên lãnh thổ Việt Nam...
Ngân hàng Nhà nước là cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo. Trưởng Ban chỉ đạo ủy quyền cho Thống đốc Ngân hàng Nhà nước thành lập và điều hành Tổ thường trực giúp việc Ban chỉ đạo.