BHTGVN là tổ chức phi lợi nhuận có vai trò rất quan trọng thực thi chính sách công của nhà nước. Tuy nhiên, để giảm thiểu gánh nặng cho nhà nước và với tư cách là một bên hưởng lợi cùng nhằm nâng cao ý thức hoàn thiện mình, nên các tổ chức tín dụng cũng phải có nghĩa vụ đóng góp tài chính thông qua phí BHTG. Câu chuyện phí BHTG khi triển khai trên thực tế không phải lúc nào cũng đơn giản do có quan hệ nhiều chiều đến bản thân hệ thống TCTD cũng như chính sách và năng lực của các cơ quan liên quan.
Một số vấn đề về bảo hiểm tiền gửi và phí bảo hiểm tiền gửi
 Tuy còn tranh cãi, song phần đông các nước đều nhận thấy sự cần thiết và tầm quan trọng của việc thiết lập cơ chế bảo hiểm tiền gửi (BHTG). Lý lẽ cơ bản ở đây là  quyền lợi người tiêu dùng hay thụ hưởng các dịch vụ tài chính, như dịch vụ nhận tiền gửi, ngày càng được quan tâm và qua đó, tạo thêm khả năng bảo đảm sự ổn định và phát triển lành mạnh hệ thống tài chính, ngân hàng. Điều 3 Luật BHTG được Quốc hội thông qua năm 2012 ghi rõ: “Bảo hiểm tiền gửi nhằm bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người gửi tiền, góp phần duy trì sự ổn định của hệ thống các tổ chức tín dụng, bảo đảm sự phát triển an toàn, lành mạnh của hoạt động ngân hàng”.
Thực tiễn áp dụng trên thế giới có hai loại phí BHTG. Một là phí BHTG đồng hạng (tỷ lệ thu phí trên tiền gửi là như nhau đối với mọi TCTD). Ưu điểm của cách đóng, thu phí này là đơn giản, dễ thực hiện, phù hợp với sự phát triển giai đoạn đầu của thị trường tài chính cũng như năng lực của các cơ quan quản lý, giám sát. Tương ứng là mô hình BHTG chuyên chi trả, được thành lập chỉ nhằm thực hiện một nhiệm vụ là chi trả bảo hiểm cho người gửi tiền khi tổ chức tham gia BHTG gặp khó khăn về thanh khoản hay đổ vỡ, nhằm khẳng định cam kết của Chính phủ về bảo vệ người gửi tiền. Tuy nhiên, nhược điểm của loại hình phí BHTG đồng hạng là không làm rõ sự khác biệt về trách nhiệm giữa các TCTD đối với quyền lợi người gửi tiền nên không khuyến khích, thúc đẩy cạnh tranh.
Hai là phí BHTG căn cứ vào mức độ rủi ro của TCTD. Mức phí phải nộp sẽ tăng theo mức độ rủi ro (khả năng đổ vỡ) của TCTD. Phương pháp này khuyến khích cạnh tranh, tạo thêm động lực giúp các TCTD gửi nâng cao hiệu quả hoạt động, giảm thiểu rủi ro. Và như vậy, quyền lợi người gửi tiền cũng sẽ đều được đảm bảo tốt hơn và gánh nặng của ngân sách nhà nước trong xử lý trường hợp đổ vỡ của TCTD cũng được giảm bớt. Phù hợp hơn với cơ chế phí này là mô hình BHTG chi trả với quyền hạn mở rộng hay mô hình BHTG giảm thiểu rủi ro. Ngoài nhiệm vụ bảo vệ tốt nhất quyền lợi của người gửi tiền, tổ chức BHTG còn tham gia có ý nghĩa vào hoạt động giám sát ngân hàng và các TCTD khác.
Ở Việt Nam, theo Nghị định 89/1999/NĐ-CP ngày 1/9/1999, văn bản pháp lý đầu tiên quy định các nội dung của việc tính và nộp phí BHTG, tiền gửi được bảo hiểm là VNĐ của các cá nhân gửi tại TCTD và mức phí BHTG là đồng hạng (0,15%/năm tính trên số dư tiền gửi được bảo hiểm). Đến Nghị định 109/2005/NĐ-CP thì việc tính phí BHTG được quy định theo mức 0,15%/năm tính trên số dư tiền gửi bình quân của các loại tiền gửi được bảo hiểm. Hiện nay, việc tính và nộp phí BHTG vẫn thực hiện theo quy định của Nghị định 109, mặc dù Luật BHTG năm 2012 đã tạo cơ sở pháp lý cho việc xây dựng một cơ chế thu phí căn cứ vào mức độ rủi ro của TCTD. Tuy nhiên, việc áp dụng cơ chế thu phí BHTG này cũng đặt ra không ít vấn đề cần lưu tâm.
Trước hết là việc xác định hạn mức trả tiền bảo hiểm hợp lý cho người gửi tiền. Do hệ thống TCTD luôn tồn tại rủi ro nhất định, nên ngay trong điều kiện bình thường, hạn múc này vẫn phải ở mức có nghĩa. Điều này còn giúp củng cố lòng tin vào ngân hàng, TCTD khác và góp phần đảm bảo nguồn tiền gửi huy động, nhất là khi thị trường tài chính phát triển hơn và có nhiều kênh nắm giữ tài sản tài chính hơn. Trong bối cảnh hệ thống ngân hàng, tài chính có nguy cơ rủi ro bất ổn cao/đổ vỡ/khủng hoảng, hầu hết các nước trên thế giới có xu hướng tăng hạn mức trả tiền bảo hiểm rất cao, thậm chí cam kết trả toàn bộ 100% số tiền gửi. Xác định hạn mức trả tiền bảo hiểm tối ưu (trong điều kiện tương đối bình thường) là không đơn giản. Quá thấp thì ít ý nghĩa đối với tác dụng có thể có của BHTG, mà quá cao lại không tạo động lực hoàn thiện mình, gia tăng “rủi ro đạo đức” của TCTD. Hiện có sự đồng thuận là hạn mức trả tiền bảo hiểm tối đa 50 triện VNĐ là quá thấp. Lý do là thu nhập dân cư cao hơn đáng kể, tỷ lệ gửi tiền trên nhiều mức 50 triệu VND cao, và lại trong điều kiện Việt Nam tiến hành tái cấu trúc hệ thống tài chính, ngân hàng.
Thứ nữa là vấn đề áp dụng thu phí BHTG theo mức độ rủi ro của TCTD đòi hỏi phải xây dựng một hệ thống tiêu chí để phân loại, đánh giá chất lượng hoạt động của TCTD. Hiện hệ thống ngân hàng Việt Nam vẫn chỉ đang trong tiến trình xây dựng và áp dụng hiệu quả các chuẩn mực quản trị rủi ro, kiểm toán và kế toán theo thông lệ quốc tế. Hệ thống thông tin, thống kê cũng cần được tiếp tục hoàn thiện. Chính vì vậy, việc “định mức tín nhiệm/rủi ro” một cách bài bản, có tính thuyết phục, đối với ngân hàng, TCTD khác còn cần nhiều nỗ lực, và cả thời gian.
Bên cạnh đó, việc trao đổi, chia sẻ thông tin giữa các cơ quan có chức năng giám sát, trong đó có cơ quan BHTG Việt Nam, chưa được kịp thời, chặt chẽ. Theo các quy định hiện hành, cơ sở dữ liệu đầu vào của các tổ chức tham gia BHTG cũng chưa đầy đủ, khó có thể thực hiện tính phí theo mức độ rủi ro. Chính vì vậy, sự hỗ trợ và phối hợp của Ngân hàng Nhà nước, Bộ Tài chính, Kiểm toán Nhà nước là hết sức quan trọng, đặc biệt trong xây dựng qui chế đánh giá rủi ro, xếp hạng TCTD.
Bản thân BHTG Việt Nam cũng cần được nâng cao năng lực, nhất là về nguồn nhân lực và hệ thống công nghệ thông tin. Ngoài ra, việc nâng cao nhận thức của công chúng cũng cần được quan tâm và đẩy mạnh hơn. Hoạt động BHTG góp phần đáng kể trong xây dựng niềm tin của công chúng đối với hệ thống tài chính, ngân hàng. Công chúng cần có nhận thức đúng về lợi ích, và cả hạn chế của BHTG.
Kinh nghiệm thế giới, qua thời gian, đã chứng tỏ mô hình BHTG chi trả với quyền hạn mở rộng hay mô hình BHTG giảm thiểu rủi ro, và tương thích là việc xác định phí BHTG theo rủi ro, được xem là mô hình phù hợp để thực hiện có hiệu quả các chức năng của BHTG. Báo cáo của Diễn đàn ổn định tài chính (FSF) về “Tăng cường khả năng phục hồi của thị trường và các tổ chức tài chính” (tháng 4/2009) nêu rõ: Các sự kiện xảy ra trong cuộc khủng hoảng tài chính đã chứng minh tầm quan trọng của việc có được một hệ thống BHTG hiệu quả. Việt Nam cần nỗ lực hơn nữa trong tạo dựng những tiền đề cần thiết cho việc thiết lập một mô hình BHTG. Đối với việc xây dựng cơ chế phí BHTG dựa trên mức độ rủi ro của TCTD, trước mắt nên chăng thực hiện những “bài tập” mô phỏng. Và trên cơ sở thu nhận phản biện, nhất là của các cơ quan liên quan và TCTD, tiếp tục hoàn thiện cơ chế phi BHTG và sau đó có thể tiến hành thí điểm đối với một số TCTD trước khi áp đặt trên thực tế.