Căn cứ khung phí BHTG, NHNN quy định mức phí cụ thể đối với tổ chức tham gia BHTG trên cơ sở kết quả đánh giá và phân loại các tổ chức này (nghĩa là phí BHTG được tính trên cơ sở mức độ rủi ro của các tổ chức tham gia BHTG). Tuy nhiên, BHTGVN vẫn đang áp dụng mức phí đồng hạng là 0,15% trên tổng số dư tiền gửi được bảo hiểm cho tất cả các tổ chức tham gia BHTG. Hình thức đóng phí này có ưu điểm là tiện trong việc quản lý cũng như tính và thu phí. Tuy nhiên, phí BHTG đồng hạng không có tác dụng khuyến khích các tổ chức tham gia BHTG nâng cao chất lượng hoạt động để được hưởng mức phí thấp.
Việc thu phí trên cơ sở rủi ro có ưu điểm là tạo môi trường cạnh tranh bình đẳng giữa các tổ chức tham gia BHTG, góp phần hạn chế rủi ro, đặc biệt là rủi ro đạo đức trong hoạt động ngân hàng. Đề nghị NHNN nghiên cứu, hướng dẫn để việc thu phí theo đánh giá và phân loại các tổ chức tham gia BHTG sớm được thực hiện.
Về hạn mức trả tiền bảo hiểm, Điều 24, Luật BHTG quy định: Hạn mức trả tiền bảo hiểm là số tiền tối đa mà tổ chức BHTG trả cho tất cả các khoản tiền gửi được bảo hiểm của một người tại một tổ chức tham gia BHTG khi phát sinh nghĩa vụ trả tiền bảo hiểm. Thủ tướng Chính phủ quy định hạn mức trả tiền bảo hiểm theo đề nghị của NHNN trong từng thời kỳ.
Từ năm 2005 đến nay, BHTGVN áp dụng hạn mức trả tiền bảo hiểm là 50 triệu đồng. Ở thời điểm năm 2005, hạn mức này bảo đảm bảo vệ toàn bộ được khoảng 85% người gửi tiền được bảo hiểm. Theo thông lệ quốc tế, hạn mức và phạm vi bảo hiểm có giới hạn là tiêu chuẩn đáng tin cậy, làm giảm thiểu rủi ro đạo đức, đồng thời không làm xói mòn kỷ luật thị trường. Hạn mức trả tiền bảo hiểm phải được xây dựng sao cho phần lớn người gửi tiền ở các ngân hàng được bảo vệ, nhưng cũng đảm bảo một tỷ lệ đáng kể giá trị tiền gửi không được bảo hiểm. Điều này đặt ra yêu cầu người gửi tiền cũng cần cân nhắc tìm đến các ngân hàng tốt để gửi tiền. Trong trường hợp một tỷ lệ đáng kể giá trị tiền gửi được bảo vệ, phải giảm thiểu rủi ro đạo đức bằng quy định và cơ chế giám sát chặt chẽ, cũng như bằng các thiết chế giám sát khác của tổ chức BHTG.
Với tiêu chuẩn trên, nhiều chuyên gia cho rằng hạn mức hiện nay thấp so với thu nhập bình quân đầu người và tỷ lệ lạm phát hàng năm. Để đảm bảo tốt hơn quyền lợi người gửi tiền, ổn định tâm lý, tạo dựng niềm tin công chúng vào các ngân hàng, cần nghiên cứu nâng hạn mức trả tiền bảo hiểm hợp lý. Theo khuyến nghị của Hiệp hội BHTG quốc tế, hạn mức trả tiền bảo hiểm thường gấp 2-5 lần thu nhập bình quân người/năm. Đồng thời, hạn mức trả tiền bảo hiểm cũng cần được đánh giá lại (5 năm/lần) để đảm bảo phù hợp với mục tiêu chính sách công của Nhà nước.