Thông tư nêu rõ, vốn hoạt động của BHTG Việt Nam bao gồm vốn điều lệ do ngân sách nhà nước cấp, nguồn thu từ phí BHTG, các nguồn thu từ hoạt động đầu tư nguồn vốn tạm thời nhàn rỗi và các nguồn thu hợp pháp khác theo quy định của pháp luật, cụ thể: Vốn điều lệ 5.000 tỷ đồng từ nguồn ngân sách nhà nước cấp và các nguồn vốn hợp pháp khác.
Về nguyên tắc sử dụng vốn, Thông tư nêu rõ, BHTG Việt Nam được sử dụng vốn để phục vụ hoạt động theo quy định của pháp luật. Việc sử dụng vốn của BHTG Việt Nam phải đảm bảo nguyên tắc bảo toàn, phát triển vốn.
BHTG Việt Nam được sử dụng nguồn vốn tạm thời nhàn rỗi để đầu tư, mua trái phiếu Chính phủ (TPCP), tín phiếu NHNN Việt Nam và gửi tiền tại NHNN Việt Nam.
Thông tư cũng nêu rõ, Quỹ dự phòng nghiệp vụ được sử dụng để chi trả tiền bảo hiểm cho người gửi tiền theo quy định của pháp luật về BHTG.
Theo đó, trong trường hợp quỹ dự phòng nghiệp vụ không đủ để trả tiền bảo hiểm cho người gửi tiền, BHTG Việt Nam được tiếp nhận hỗ trợ hoặc vay của tổ chức tín dụng, tổ chức khác có bảo lãnh của Chính phủ theo quy định của Luật BHTG và các văn bản hướng dẫn.
Trong trường hợp BHTG Việt Nam phải bán TPCP, tín phiếu NHNN Việt Nam để trả tiền bảo hiểm cho người gửi tiền thì phần chênh lệch giữa giá bán và giá mua (chênh lệch dương hoặc chênh lệch âm) được hạch toán vào quỹ dự phòng nghiệp vụ...
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 10/1/2017, thay thế Thông tư số 41/2014/TT-BTC ngày 8/4/2014 của Bộ Tài chính quy định chế độ tài chính đối với BHTG Việt Nam.