Theo Luật BHTG mới, các ngân hàng tại Mông Cổ được cấp phép để giao dịch liên quan đến tiền gửi và một số hình thức thanh toán khác bắt buộc phải tham gia BHTG. Bên cạnh đó, nguồn Quỹ BHTG sẽ được huy động từ ngân sách Nhà nước và Ngân hàng trung ương Mông Cổ, phí BHTG do các ngân hàng đóng góp, từ các nguồn thu do bán tài sản thanh lý ngân hàng đổ vỡ hoặc trái phiếu do BHTG Mông Cổ phát hành. Nguồn quỹ này sẽ được sử dụng để chi trả cho người gửi tiền khi xảy ra đổ vỡ ngân hàng, hỗ trợ cho các ngân hàng tiếp nhận tiền gửi từ các ngân hàng đổ vỡ được thanh lý, thanh toán phí và lãi suất tiền vay hoặc phát hành trái phiếu.
Phí BHTG là nguồn tài chính quan trọng đối với Quỹ BHTG. Phí BHTG do các ngân hàng đóng bao gồm phí khởi điểm, phí theo quý và phí đặc biệt. Phí khởi điểm được tính bằng 1% vốn cổ phần ngân hàng, phí theo quý sẽ do Quốc hội quy định đối với từng ngân hàng trên cơ sở mức độ rủi ro và không được vượt quá 0,125% tổng số dư tiền gửi. Phí đặc biệt được áp dụng trong trường hợp Quỹ BHTG không đảm bảo được việc chi trả cho người gửi tiền, tỷ lệ phí đặc biệt theo quy định là 0,5% trên tổng số dư tiền gửi tại các ngân hàng.
Trong trường hợp xảy ra đổ vỡ ngân hàng, người gửi tiền sẽ được bồi thường với hạn mức trả tiền bảo hiểm lên tới 20 triệu MNT (tương đương 14.500 đô-la Mỹ).